Timor Leste lepas setelah digelarnya referendum yang mayoritas rakyatnya memilih merdeka dari Indonesia.
Presiden ketiga saat itu B.J. Habibie menyerahkan sepenuhnya masalah sengketa Timor-Timur kepada PBB dan rakyat Timor Timur.
Salah satu alasan keputusan presiden Habibie adalah tidak ingin adanya pertumpahan darah sesama bangsa Indonesia dan menyerahkan keputusan di tangan rakyat Timor Timur untuk menentukan nasibnya.***