MSAT dilaporkan ke Polres Jombang pada Oktober 2019 atas dugaan pencabulan terhadap perempuan di bawah umur asal Jawa Tengah dengan Nomor LP: LPB/392/X/RES/1.24/2019/JATIM/ RESJBG.
Saat proses penangkapan terhadap MSAT berlangsung Kementerian Agama (Kemenag) RI sempat mencabut izin operasional Pesantren Shiddiqiyyah.
Namun, selang 4 hari kemudian keputusan pencabutan izin operasional itu dibatalkan oleh Menteri Agama Ad Interm, Muhadjir Effendy.***